Am Premierentag von „Sektion 31“ kommen die ersten Kritiken des Films – und sie sind überwiegend negativ. Das US-Portal Rotten Tomatoes, führend in der Aggregation der englischsprachigen Kritiker, zählt aus bisher 30 Kritiken nur sechs positive. Diese Quote von 20% ist weit von den 60% entfernt, die als Grenze für einen gut angenommenen Film gilt. Bei den bisher acht „Top-Kritikern“ sieht es ähnlich aus, 25% dieser Kritiken geben einen Daumen nach oben. Auch die gesammelten Zuschauerbewertungen sind nur zu 23% positiv. Zum Vergleich: Der bisher letzte Star Trek-Film, „Star Trek Beyond“ liegt bei 86% positiven Kritiken und 80% positiven Zuschauerbewertungen.
Auch im deutschsprachigen Raum sind die Kritiken größtenteils negativ, Trek Echo steht mit seinem gemischten Fazit deutlich auf der positiven Seite. Dariusch Tabatabaei vergibt für Netzwelt 1/5 Sternen und resümiert „Trekkies wird mit dem neuen Film vor den Kopf gestoßen“. Ebenfalls eine 1/5-Bewertung vergibt Movie Jones und titelt gar „Sogar noch schlimmer als befürchtet“. Bei MoviePilot spricht Max Wieseler über eine „herbe Enttäuschung“ und zieht als persönliches Fazit: „Das 90 Minuten kurze B-Movie-Abenteuer hat mich völlig fassungslos zurückgelassen.“ Das Portal Filmdienst sieht „Eine neue Tonalität, die aber nicht recht überzeugt“ und vergibt 1,5/5 Sternen. Begeistert ist dagegen Reinhard Prahl für Serienjunkies, der den Film als „frech, witzig, tragisch, actionreich, locker erzählt“ empfindet und vier von fünf Sternen verteilt.
